Vindplaatsen van de vinpootsalamander in Nederland concentreren zich op de zandgronden, maar de soort komt ook voor op leem- en lössbodems. Kleigronden worden gemeden. De verspreiding beperkt zich tot hoger gelegen, glooiende gebieden. Vinpootsalamanders worden in Nederland in twee habitattypen aangetroffen. Het meest voorkomende habitat bestaat uit bos- en heidegebieden in het laagland. Het tweede habitattype komt meer overeen met het typische habitat in grote delen van zijn Europees verspreidingsgebied en bestaat uit heuvellandschap. In Zuid-Limburg komt de soort voornamelijk voor in of nabij hellingbossen.

Uit waarnemingen in Nederland blijkt dat vinpootsalamanders een voorkeur hebben voor bossen en heide. De vinpootsalamander is een cultuurmijdende soort en komt nauwelijks voor in agrarisch gebied en stad en dorp. De vinpootsalamander is een typische soort voor vennen. Daarnaast komt de soort voor in poelen of andere kleine wateren en in beperkte mate ook in sloten.

Aquatisch habitat
Als voortplantingswater wordt in Nederland met name gebruik gemaakt van zwakzure, permanente vennen, plassen en bospoelen. In het heuvellandschap planten vinpootsalamanders zich voort in bronpoeltjes, bospoelen, drinkpoelen en kleine, zwakstromende beekjes. De vinpootsalamander heeft een voorkeur voor halfbeschaduwde wateren. De soort is hier kritischer ten opzichte van zijn voortplantingswater dan in het centrale deel van zijn verspreidingsgebied.

Land habitat
In Nederland bestaat het landhabitat in zowel het laagland als het heuvelland in de meeste gevallen uit bos- en/of heidegebieden. Volledig open gebieden worden gemeden. De aanwezigheid van bos lijkt de voornaamste factor voor de verspreiding van de soort. De voorkeur gaat uit naar gemengde bossen en loofbossen (Marijnissen 1992, Nöllert & Nöllert 1992, Schlüpmann et al. 1996)