In 2003 worden wateren en akkers rond de laatste Drentse vindplaats onderzocht. Er blijken in deze regio op meer plekken knoflookpadden voor te komen en het verspreidingsbeeld wordt uitgebreid tot 3 uurhokken (Buro Bakker 2004). Met dit onderzoek wordt deze populatie in een klap op de kaart gezet als een van de meest levensvatbare populaties in Nederland. De tweede Drentse vindplaats is een vooralsnog eenmalige vondst uit een beekdal net ten zuiden van het Dwingelderveld.

Ook onderzoek langs de Overijsselse Vecht (van der Lugt et al. 2000) geeft aan dat de populaties hier groter zijn dan daarvoor bekend was. Elders in Overijssel lijkt de soort uit nagenoeg uit alle gebieden te zijn verdwenen (Prudon 2002), op enkele geïsoleerde populaties na (Spikmans & Bosman 2003; Bosman & de Vries 2005).

In 2000 wordt het voorkomen van de soort bij Zwolle, na bijna vijftig jaar, weer herbevestigd (van der Lugt et al. 2000). Soortgerichte inventarisaties op kansrijke plekken langs de IJssel (Creemers & Crombaghs 1995) leveren bijna 10 nieuw ontdekte voortplantingswateren met knoflookpadden op. Van de oude vindplaatsen is het merendeel echter al verdwenen, zodat vermoed kan worden dat ook hier de verspreiding ruimer moet zijn geweest. Tussen de IJsselen de Veluwe komt de soort onder andere voor tussen Twello en het rivierduin Cortenoever (Creemers & Crombaghs 1995, van Hoof & Brouwer 2006). Ten zuiden hiervan sterft de soort echter al in het begin van de negentiger jaren uit. Aan de oostzijde bevinden zich nog populaties bij Gorssel en net ten noorden van Deventer. In de Achterhoek houdt de knoflookpad tot 1999 nog stand in de Kruisbergsche bossen bij Doetinchem (Felix et al. 1999). Daarna is de soort hier niet meer waargenomen. Daarmee lijken alle vindplaatsen in de Achterhoek verdwenen, totdat in 2005 toch weer een knoflookpad wordt waargenomen bij Lichtenvoorde, vlakbij een oude vindplaats.

In Noord-Brabant komt de soort na 1990 nog op vier plekken voor in het oosten van de provincie. In Limburg wordt de situatie precair, met name op en rond de Meinweg gaat het steeds slechter (Lenders 1994). In het Roerdal is de soort na 1997 niet meer waargenomen (Geraeds 2004b). Tussen de Meinweg en Roermond wordt de soort nog spaarzaam aangetroffen (Geraeds & van Schaik 2001, van Hoof & Crombaghs 2005). De soort handhaaft zich wel nog goed op de Bergerheide, waar de soort zich uitbreidt door op tijd genomen beheersmaatregelen. Daarnaast bevindt zich een stabiele populatie in het Heerenven en een kleine populatie in het beekdal van de Tungelroysche beek (van Hoof et al. 2005).

Zie ook de eerdere periode: 1971 t/m 1995