De populatieontwikkeling van de boomkikker in Zeeuws-Vlaanderen is illustratief voor het relaas van de soort in Nederland. In de periode 1990-1998 (zie figuur ###) resteerden nog drie deelpopulaties van enige omvang (Cadzand, Retranchement en Aardenburg), met een maximum van 100 roepende mannetjes per deelpopulatie. Een aantal kleine populaties was toen nog aanwezig in veelal kleine leefgebieden in de Knokkert, Vlamingepolder, Kruisdijk, de Plate, Driewegen en Groedse Duintjes. Door het isolement en de geringe aantallen dieren in deze kleine populaties is de soort daar na 1997 verdwenen. Daarna hebben de terreinbeheerders alles in het werk gesteld om de laatste drie populaties veilig te stellen en te versterken. Dat heeft als resultaat gehad dat de aantallen stegen van rond de 250 (in 1993) naar 500 roepende mannetjes (2004-2006). Het aantalsverloop in Cadzand en Aardenburg is grillig, maar in Retranchement zet de stijgende lijn door. Om de Zeeuwsvlaamse populatie duurzaam te laten voortbestaan moeten deze leefgebieden met elkaar worden verbonden. De uitvoering van de Ecologische Hoofdstructuur biedt daartoe mogelijkheden.

In Noord-Brabant gingen eind jaren tachtig populaties verloren in de grensstreek met België. Er bleven begin jaren negentig nog drie populaties over: de Brand, de Leemkuilen en de Molenschotse Heide (Gilze-Rijen). In de Brand was de populatie in 1989/1990 op sterven na dood met nog slechts drie à vier roepende mannetjes (Marijnissen & Schoor 1997), gevolgd door een gestage toename naar meer dan 100 in 1998, en uiteindelijk naar een grote populatie van ruim 400 mannetjes in 2005, verspreid over ruim 20 wateren (Marijnissen 2006). In de Leemkuilen zijn, na het vermoedelijke uitsterven van de boomkikker begin jaren tachtig, in de jaren 1987-1989 boomkikkers uitgezet die afkomstig waren van de Molenschotse Heide (Gilze-Rijen; zie hoofdstuk 12). De soort vestigde zich opnieuw en het aantal in de Leemkuilen steeg tot boven de 50. De soort hield stand, maar het aantal liep terug naar ongeveer 20 roepende mannetjes in 2000, waarna weer een stijging optrad naar 150 mannetjes in 2005, verdeeld over acht wateren (van Erve & Michielsen 2005). Op de Molenschotse Heide bereikte de populatie haar dieptepunt in 1991/1992 met slechts zes roepende mannetjes (in 1986 waren dit er nog 27) in één water. Vervolgens schommelde het aantal roepende mannetjes tot en met 2004 tussen de acht en 20. In 2005 kwam het aantal roepende mannetjes voor het eerst boven de 30.

Zie ook de eerdere perioden: 1971 t/m 1995