De grote modderkruiper (Misgurnus fossilis) behoort tot de familie van de modderkuipers (Cobitidae) en heeft een langgerekt bijna rond lichaam dat bij de staart zijdelings afgeplat is. De rug is donkerbruin tot roodbruin van kleur en over de licht geel tot oranje gekleurde flanken lopen in de lengterichting donkere vlekkerige banen. Ook op de kop bevinden zich vlekjes, het patroon is per dier uniek en maakt individuele herkenning mogelijk. De buik is licht geelbruin en kleurt in de paaitijd oranjerood. Rond de bek bevinden zich tien bekdraden: vier op de bovenlip, vier op de onderlip en twee in de mondhoeken. De soorten bermpje en kleine modderkruiper, met een vergelijkbaar uiterlijk, hebben slechts zes bekdraden. Grote modderkruipers kunnen circa 30 centimeter lang worden.