Levenswijze
De kleine modderkruiper heeft een voorkeur voor stilstaand tot langzaam stromend ondiepe wateren met een rijke plantenbegroeiing en een zandige of met dunne sliblaag bedekte bodem. De soort komt in vrijwel heel Nederland voor in sloten, vaarten, kanalen, riviertjes, beken, plassen en meren. Kleine modderkruipers zijn met name in de schemering en ’s nachts actief, overdag rusten ze verscholen tussen de vegetatie of ingegraven in de bodem met enkel hun kop eruit stekend. Ze voeden zich door bodemsubstraat op te happen en daaruit eetbare deeltjes te filteren. Het dieet bestaat uit zoöplankton, kleine macrofauna, algen en dood organisch materiaal.