De bastaardmodderkruiper is een hybride (Cobitis taenia x elongatoides x tanaitica) die behoort tot de familie van de modderkruipers (Cobitidae). De soort heeft een langgerekt cilindervormig geel tot lichtgrijs lichaam met op de flanken een regelmatig patroon van donkere vlekken. Rond de bek bevinden zich zes korte bekdraden waarvan vier op de bovenlip en twee in de mondhoeken. Onder het oog bevindt zich een kleine uitklapbare stekel.
De bastaardmodderkruiper is op uiterlijke kenmerken nagenoeg niet te onderscheiden van de gewone kleine modderkruiper. Het enige onderscheidende kenmerk is de maximale lengte. Deze ligt bij de gewone kleine modderkruiper op 11,5 centimeter terwijl de bastaardmodderkruipers ruim 13 centimeter kunnen worden. Door hun bijzondere voortplantingsmechanisme, de vrouwtjes klonen zichzelf, zijn de bastaardmodderkruipers altijd vrouwelijk. De geslachtsverhouding van een populatie geeft daarom ook in een indicatie of het pure kleine modderrkuipers betreft (man: vrouw als 1:1) of bastaardmodderkruipers (typisch man:vrouw als 1: >10). Het bermpje en de grote modderkruiper vertonen gelijkenis met de bastaardmodderkruiper. Grote modderkruiper heeft tien bekdraden. Bermpje heeft geen stekel onder het oog en een onregelmatig vlekkenpatroon.