Zoek binnen het onderzoeksgebied eerst naar geschikt leefgebied. De grote modderkruiper komt vooral voor in geïsoleerde wateren met sterk ontwikkelde verlandingsvegetaties en brede, vegetatierijke oevers. In deze wateren leven vaak weinig andere vissoorten.
Met name natte gebieden die aan de ruilverkaveling zijn ontsnapt en vroeger regelmatig overstroomden met rivierwater zijn kansrijk. Het raadplegen van een historische atlas of Historiekaart.nl kan helpen bij het vinden van oude watergangen die de afgelopen eeuw nauwelijks zijn veranderd. Juist daar is de kans groot dat de soort nog voorkomt. In wateren die tijdens de ruilverkaveling (vooral vanaf 1950) zijn aangelegd, is de kans op grote modderkruipers veel kleiner.
De grootste kans om de soort aan te treffen bestaat in kleine tot middelgrote sloten en sterk begroeide rivier- en beekbegeleidende wateren. In slotenrijke gebieden verdienen vooral smalle, ondiepe zijsloten extra aandacht. De grote modderkruiper heeft een voorkeur voor vegetatierijke oevers met een modderige bodem en kraggen (drijvende pollen met vervlochten wortels). De bodem bestaat bij voorkeur uit korrelige kleimodder die niet stinkt. Structuurloze, zwarte en sterk stinkende sliblagen zijn minder geschikt.
Steek het schepnet op enige afstand van de oever in het water en haal het met kracht over en door de bodem richting de oever. Schep daarbij ook goed door de oevervegetatie. Door gelijktijdig met laarzen of een waadpak in de oever te porren en te stampen, worden grote modderkruipers opgejaagd en neemt de kans toe dat ze in het net terechtkomen.
Zijn er kraggen aanwezig, schep dan ook ver onder deze drijvende vegetatie. Je kunt de vissen bovendien vanuit de begroeiing in het net drijven door in de richting van het net te porren en te stampen.
Wanneer de grote modderkruiper actief is en er weinig waterplanten aanwezig zijn, kan deze nachtactieve soort ook met een krachtige zaklamp worden opgespoord. De vissen bevinden zich meestal op de bodem, dicht bij beschutting. Het water moet daarbij voldoende helder zijn om de bodem goed te kunnen zien.
De beste omstandigheden doen zich meestal voor in het voorjaar, wanneer het water opwarmt maar de waterplanten nog nauwelijks zijn ontwikkeld. Ook in het najaar kan zaklamponderzoek succesvol zijn, bijvoorbeeld nadat de watergang door de waterbeheerder is gemaaid.
Voer bij voorkeur vier onderzoeksronden per jaar uit. Dit betekent een totale schepinspanning van 240 minuten (4 × 60 minuten) of vier onderzoeksronden met de zaklamp.
De bovenstaande richtlijn gaat uit van één tot twee schepnetvissers. Wanneer met meer personen wordt geïnventariseerd, kan de benodigde vistijd evenredig worden verkort.
Schepnetonderzoek: maart tot en met november.
Zaklamponderzoek: maart tot en met mei en van september tot en met november. De geschiktheid is afhankelijk van de omstandigheden, zoals de helderheid van het water en de ontwikkeling van de waterplanten.
Groot schepnet (standaardmodel RAVON) met een netgrootte van 70 × 40 cm en een gestrekte maaswijdte van 3 mm. Daarnaast zijn een waadpak of lieslaarzen nodig. Voor nachtelijk onderzoek is een krachtige zaklamp vereist.
