Zoek binnen het onderzoeksgebied eerst naar geschikt leefgebied. De kleine modderkruiper komt vooral voor langs begroeide oevers van stilstaande wateren, zoals sloten, poelen en plassen. In stromende wateren leeft de soort voornamelijk in stromingsluwe delen. In slotenrijke gebieden ligt de nadruk op de grotere watergangen.
Steek het schepnet op enige afstand van de oever in het water. Haal het vervolgens met kracht over de bodem en door de watervegetatie richting de oever. Door zowel de bodem als de begroeiing goed af te vissen, vergroot je de kans om kleine modderkruipers aan te treffen.
Voer bij voorkeur twee onderzoeksronden per jaar uit, met een totale schepinspanning van minimaal 60 minuten (2 × 30 minuten).
De bovenstaande richtlijn gaat uit van één tot twee schepnetvissers. Wanneer met meer personen wordt geïnventariseerd, kan de benodigde vistijd evenredig worden verkort.
April tot en met oktober.
Groot schepnet (standaardmodel RAVON) met een netgrootte van 70 × 40 cm en een gestrekte maaswijdte van 3 mm. Daarnaast zijn een waadpak of lieslaarzen nodig.
