In Nederland is het voorkomen van de zandhagedis sterk gebonden aan duin- en heidegebieden. In het binnenland en in de kalkarme duinen wordt hij vooral aangetroffen op droge struikheideterreinen. In de kalkrijke duinen komen de meeste zandhagedissen voor in het open struweelduin.

Daarnaast komt de soort voor langs infrastructuur (weg- en spoorbermen) en op ruderaal terrein (met name spoorwegemplacementen). Sporadisch worden ook bosranden en struweel gemeld. Als warmteminnende soort heeft de zandhagedis een voorkeur voor zandige, naar het zuiden geëxponeerde hellingen, waar de temperatuur hoog kan oplopen. Hij is aangepast aan warme en droge omstandigheden en is goed in staat zijn vochtverlies te beperken (Marijnissen & Vergeer 1986).

De optimale habitat is een mozaïek van rijk gestructureerde dwergstruikvegetatie, afgewisseld met hogere grassen, ‘kale’ grond en plekken met open zand. De structuurdiversiteit is daarbij belangrijk, er bestaat een direct verband tussen de structuurdiversiteit van de vegetatie en de populatiedichtheid van de zandhagedis (Spellerberg 1988a).

De zandhagedis heeft voor de ontwikkeling van de eieren een substraat nodig wat binnen een relatief korte tijd voldoende kan opwarmen. In Nederland voldoen alleen droge, zandige bodems hieraan (Lenders 1989).