Het in de voorgaande periode geschetste verspreidingsbeeld zien we in grote lijnen ook na 1990 terug. Het areaal van de rugstreeppad lijkt sterk te zijn teruggelopen in de provincie Noord-Holland maar ook in het rivierengebied. 

De provincie Groningen is na 1990 beter geïnventariseerd dan voorheen. Desalniettemin is de rugstreeppad op het vasteland van deze provincie niet aangetroffen. Het huidige voorkomen op Rottumeroog is onzeker. Het deel van het eiland waar voorheen (vanaf 1988) enkele losse meldingen van eerder uitgezette dieren vandaan kwamen, is in 1999 weggeslagen. Vermoedelijk zijn de rugstreeppadden hierbij kopje onder gegaan.

In Friesland zijn waarnemingen van de rugstreeppad nog steeds schaars, zo zijn er geen waarnemingen meer bekend uit het westen van deze provincie. Een volledig beeld van de provincie Friesland is niet te geven. Het westelijk en noordelijk deel is slecht geïnventariseerd. Op de Friese waddeneilanden is de soort goed vertegenwoordigd.

In Drenthe is de rugstreeppad nog steeds niet algemeen. Vooral voor het goed onderzochte noorden en westen van deze provincie kunnen we dit beeld als een goede weergave van de werkelijkheid beschouwen.

In Overijssel wordt de soort ook na 1991 spaarzaam aangetroffen. Met name de kop van deze provincie laat een terugloop zien ten opzichte van voorgaande perioden. Rond de Overijsselse Vecht worden echter nieuwe leefgebieden ontdekt. Spectaculaire resultaten worden geleverd door een inventarisatie in de Noordoostpolder in 2004 (van Rijsewijk 2005). Hiermee wordt deze relatief slecht onderzochte regio in één keer op de kaart gezet als een belangrijk kerngebied. In Zuidelijk en Oostelijk Flevoland is het voorkomen beperkt tot geïsoleerde populaties bij Lelystad, Almere, de Oostvaardersplassen en een gebied in het zuidoosten van de provincie (van Rijsewijk et al. 2005).

In het noordelijk IJsseldal is de rugstreeppad nog steeds redelijk vertegenwoordigd, maar dan vooral aan Gelderse zijde. De vindplaatsen langs de zuidelijke IJssel vinden aansluiting bij een uitgebreider voorkomen in het oostelijk rivierengebied. Met name de uiterwaarden ten oosten van Arnhem-Nijmegen (de Gelderse Poort) kent vele vindplaatsen. Meer westelijk langs de goed onderzochte delen van de Gelderse Waal en Rijn is de soort nog steeds goed vertegenwoordigd, al lijken de dichtheden naar het westen toe wat af te nemen.

De Veluwe blijft een belangrijk kerngebied. De soort ontbreekt in een groot deel van de Gelderse Vallei. Toch worden sinds enkele jaren aan de randen hiervan kleine populaties gevonden, zoals tussen Otterlo en Harskamp (van Ekeris 2000). Ook van de Utrechtse Heuvelrug zijn weinig vindplaatsen bekend. Pas in de laagveengebieden in het uiterste noorden en in het noordwesten van de provincie Utrecht komt de soort weer algemeen voor.

Ten opzichte van voorgaande periode lijkt het areaal van de rugstreeppad in Noord-Holland teruggelopen. Kerngebieden blijven Texel, de duinen, de Zaanstreek en het Gooi. De dichtheid van waarnemingen lijkt met name in de Zaanstreek af te nemen. In deze periode zijn er geen waarnemingen van rugstreeppadden uit West-Friesland en de Wieringermeer. Dit gedeelte van Noord-Holland is in de laatste periode nauwelijks geïnventariseerd. De soort is er naar verwachting nog lokaal aanwezig.

In Zuid-Holland is geen afname van het verspreidingsgebied te bespeuren. De soort is na 1985 zelfs van meer uurhokken bekend. De Zuid-Hollandse duinen vormen een belangrijk leefgebied. Dit geldt ook voor de laagveengebieden in het oosten van de provincie. De Vijfheerenlanden nemen waarschijnlijk nog steeds een bijzondere plaats in, maar zijn in deze periode minder goed onderzocht. Ze komt er lokaal verspreid voor. In de Alblasserwaard en de Krimpenerwaard vinden we de soort met name langs de rivieren.

De rugstreeppad blijkt algemeen voor te komen in Zeeland ten noorden van de Westerschelde. In Zeeuws-Vlaanderen is de soort zeldzamer, behalve langs het Kanaal van Gent naar Terneuzen. Uit het westelijk deel van Zeeuws-Vlaanderen zijn vrijwel geen waarnemingen meer bekend. De waarnemingen op de grens met België in het oosten van Zeeuws-Vlaanderen zijn op zandgrond gedaan en sluiten aan op waarnemingen in West- en Oost-Vlaanderen (Bauwens & Claus 1996).

In Noord-Brabant komt de rugstreeppad ook in deze periode slechts sporadisch voor, met uitzondering van de omgeving van Eindhoven. Opvallend is het ontbreken van de soort in grote delen van West-Brabant. De waarnemingen op de Brabantse Wal sluiten aan op waarnemingen in de Belgische provincie Antwerpen (Bauwens & Claus 1996, Baptist 2005).

In Limburg kunnen drie duidelijke concentratiegebieden worden onderscheiden: de oostelijke Maasoever in Noord-Limburg, de omgeving van de Meinweg in Midden-Limburg en de Oostelijke Mijnstreek in Zuid-Limburg. De waarnemingen bij Maastricht sluiten aan bij waarnemingen in Belgisch Limburg (Bauwens & Claus 1996), die langs de oostgrens bij waarnemingen in Noordrijn-Westfalen (Günther & Meyer 1996). Het is zeer opmerkelijk dat de Peel niet langer een concentratiegebied is. Er zijn nog maar enkele kilometerhokken met waarnemingen bekend uit deze regio.

Zie ook de eerdere periode: 1971 t/m 1995