De muurhagedis is een warmteminnende soort, die in het noorden van zijn verspreidingsgebied alleen voorkomt in rivierdalen, omdat daar gunstigere klimatologische omstandigheden heersen (Mertens 1947, Molle 1953, Strijbosch 1980a). De soort kwam hier oorspronkelijk voor op warme, stenige plekken, zoals rotswanden. Met de bouw van stadsmuren kreeg de soort ook de gelegenheid om zich te vestigen op muren en later kwamen ook spoortrajecten als leefgebied in beeld.

In de rotsen, muren of spoortrajecten dienen genoeg spleten en holen aanwezig te zijn in verband met de mogelijkheden tot thermoregulatie, overwintering en bescherming tegen predatoren. De ideale habitat is niet te veel beschaduwd, zodat de dieren genoeg zonplaatsen tot hun beschikking hebben. Een ideale muur is slechts voor een klein deel met vegetatie begroeid (Kruyntjens 1992). De vegetatie wordt door de muurhagedis ook gebruikt als schuilplaats en voor de thermoregulatie. Ook dient de vegetatie als habitat voor ongewervelden die als voedsel dienen.