Uit waarnemingen blijkt dat de meerkikker met name een poldersoort is. De waarnemingen zijn vooral afkomstig uit sloten en weteringen, laagveen en uit rivierbegeleidende wateren. De meerkikker ontbreekt vrijwel geheel op de habitattypes van de zandgronden (bos, heide, duin en hoogveen).

In Duitsland komt de soort voor in meren, oude rivierarmen, rustige delen en verbredingen van rivieren, nevengeulen, kanalen en grotere vijvers en poelen. In bossen gelegen, beschaduwde wateren, kleine en ondiepe wateren en wateren zonder plantengroei worden gemeden (Günther 1996).

In tegenstelling tot de Duitse waarnemingen (Günther 1997) zijn de Nederlandse vooral afkomstig uit sloten en kleine wateren. Dit geeft eens te meer aan dat de meerkikker een typische polderkikker is. In het rivierengebied zijn de meeste waarnemingen afkomstig uit de buitendijkse gebieden die onder invloed van de rivier staan. In natuurontwikkelingsgebieden in Groningen komt de meerkikker voor in plas-drassituaties met een hoge bedekking van pitrus.