De meerkikker komt van nature voor in heel Europa met uitzondering van Italië en het Iberisch schiereiland in het zuiden, Ierland en het Verenigd Koninkrijk in het westen en Scandinavië in het noorden. Nederland vormt de uiterste noordwestgrens. In Denemarken komt de meerkikker alleen voor op het eiland Bornholm (Günther 1996). In Finland kwam de soort voor in het uiterste zuiden, maar is hij nu uitgestorven (Günther 1996). De verspreiding in Midden-, Oost- en Zuidoost-Europa is bijna aaneengesloten. In Frankrijk is het voorkomen erg verbrokkeld, maar lijkt de soort te ontbreken in het uiterste westen. Mogelijk zijn de Franse meerkikkers alleen in het Rijnbekken in het noordoosten van het land inheems. Op andere plaatsen zijn ze vermoedelijk afkomstig van uitzettingen (Günther 1997). Ook voor België wordt aangegeven dat er meerkikkers zijn uitgezet, o.a. in de dal van de Schelde. Deze meerkikkers breiden zich fors uit sinds de uitzetting in 1975 te Wetteren (Jooris 2002).  In het zuiden van het Verenigd Koninkrijk is de soort voor het eerst in de dertiger jaren uitgezet en heeft zich hier definitief gevestigd (Beebee & Griffiths 2000). Naar het oosten toe komt de soort voor tot ver in Rusland, het Midden-Oosten en Voor-Azië (Günther 1990, Günther 1997).

De meerkikker is een typische laaglandsoort. In het westen en noorden van Nederland komt hij voor in polders en droogmakerijen beneden zeeniveau. In Oostenrijk zijn verreweg de meeste waarnemingen gedaan op een hoogte tot 300 meter. Meerkikkers komen hier voor tot op een maximale hoogte tussen de 500 en 750 meter.