Knoflookpadden hebben een voorkeur voor agrarisch gebied, ruderaal terrein (volkstuinen etc.) en halfnatuurlijke graslanden. De knoflookpad mijdt de stedelijke omgeving en hoogveen. Laagveen en duinen vallen geheel buiten het areaal van de soort. De soort wordt relatief veel aangetroffen in rivierbegeleidende wateren (kolken, oude meanders) en in de wat voedselrijkere vennen, vaak gelegen op de overgang van heide naar cultuurlandschap. De soort is ook aanwezig in poelen en andere kleine wateren (vijvers & grachten). Uit sloten zijn relatief weinig waarnemingen gemeld.

Aquatisch habitat
Wateren waarin de knoflookpad wordt aangetroffen zijn mesotroof tot eutroof. De snel groeiende en groot wordende larven kunnen alleen overleven en succesvol metamorfoseren indien er voldoende voedsel aanwezig is en daarom zijn alleen wateren met een hoge primaire productie geschikt (Strijbosch 1979). In rivierdalen en uiterwaarden voldoen vele wateren aan deze randvoorwaarden; hier vormt echter de rivierdynamiek de beperkende factor. In deze gebieden worden bij voorkeur de minst dynamische wateren gebruikt voor de voortplanting, deze zijn vaak ondiep en tijdelijk van karakter (Pintar & Straka 1990, Waringer-Löschenkohl & Waringer 1990). In zeer hoog-dynamische wateren is onder andere de visbezetting vaak hoog en is het water troebel. Kritische soorten, waaronder de knoflookpad, hebben een duidelijke voorkeur voor wateren die minder vaak overstromen (Creemers 1994). Ondanks dat de knoflookpad geen duidelijke voorkeur heeft voor grote wateren, gebruikt de soort dit type wateren wel vaak als voortplantingsplaats

Landhabitat
In de Overasseltse & Hatertse Vennen zijn halfopen stuifduinkoppen de belangrijkste zomerhabitats (Bosman & van den Munckhof, 1993). Opvallend is daarnaast ook dat knoflookpadden hier veel worden waargenomen op recreatieve paden (wandel- en ruiterpaden). Akkers kunnen van bijzonder belang zijn voor deze soort (Bosman 2006). In een agrarisch gebied bij Voorst (Gld.) werden akkers, houtwallen, bosjes en ruigten onderzocht. 11 van de 12 gevonden knoflookpadden werden gevonden op aardappelakkers, het andere exemplaar op de akkers van een biologisch zaadteeltbedrijf. Uit onderzoek met valschermen bleek dat de akkers van het zaadteeltbedrijf ook zeer belangrijke overwinteringshabitats in dit gebied vormden. Ook aspergevelden worden genoemd als potentieel habitat voor de populaties in Midden-Limburg (Lenders 2005). De dieren, die solitair overwinteren, graven zich in november enkele decimeters in (Moonen & Peeters 1985).