De kleine watersalamander wordt in Nederland in vrijwel alle landschapstypen aangetroffen. Alleen hoogveen wordt duidelijk gemeden. Ook in de keuze van voortplantingswateren is de soort niet kritisch. Alleen groot open water en grote lijnvormige wateren worden gemeden. Deze zijn doorgaans bezet met vis en bevatten nauwelijks geschikte oevers voor de soort. De soort is deels cultuurvolgend en dringt ook door tot in stad en dorp.

Aquatisch habitat
De kleine watersalamander komt voor in ondiepe en stilstaande tot zwakstromende wateren, waaronder poelen, vijvers, laaglandbeken, sloten, drinkbakken, groeven, duinwateren, beekbegeleidende wateren en ook wel de dichtbegroeide oeverzone van grotere wateren, zoals van weteringen, meren, strangen en kolken. Goede voortplantingswateren zijn grotendeels onbeschaduwd, sterk begroeid met water- en oeverplanten en bij voorkeur met een lage bezetting of volledige afwezigheid van vissoorten.

Land habitat
De voortplantingswateren in het landelijke gebied liggen meestal in grotendeels open (weilanden) tot halfopen landschap met een zekere mate van bos- of struikvegetaties en ruigtes, die van belang zijn als land- en overwinteringshabitat. Onder andere braamstruwelen, heggen, takkenbossen, steenhopen en knotwilgen dienen als schuilplaats op het land. Lijnvormige landschapselementen vervullen een geleidende functie in het landschap (Grooten & van Gelder 1993). De dieren overwinteren zowel alleen als gezamenlijk in koele, vorstvrije en vochtige ruimten, waaronder muizenholen, rottende blad- of composthopen, verlaten mierennesten, tussen boomwortels, omgevallen bomen, stenen en steenhopen, schuren, bunkers, kelders, kassen en in spleten van muren of hout. De dieren bevinden zich op het land meestal niet verder dan 500 meter van het voortplantingswater.