In Friesland vindt in 2002 en 2003 een intensieve inventarisatie plaats die de verspreiding van de soort goed in kaart brengt (van den Bogert 2005). De heikikker komt hier voor in hoogveen, laagveen, beekdalen, op heides en op een aantal voor Nederland unieke biotopen (stuwwallen aan de IJsselmeerkust, Mieden en buitendijkse gebieden). Interessant is met name de vestiging van heikikkers in buitendijkse gebieden in het IJsselmeer. De dichtheden in de buitendijkse gebieden, op de stuwwallen en in de Mieden zijn echter laag t.o.v. hoogveen, laagveen en heidegebieden.

In Midden-Groningen worden kleine relictpopulaties aangetoond en de soort is nog op diverse plaatsen in het Westerkwartier, Gorecht en Westerwolde aanwezig. Vooral in Westerwolde is sprake van grotere aantallen dieren (Felix & Hoogerwerf 2000, Hoogerwerf & Luijten 1999, Luijten 1995, Luijten 2004). Nieuw is ook de ontdekking in vijf kilometerhokken (vier uurhokken) in de Kruisbergse bossen bij Doetinchem. Met uitzondering van de geschikt geworden buitendijkse Friese vindplaatsen moeten alle andere ’’nieuwe’’ vindplaatsen en herontdekkingen gezien worden en als relictpopulaties die eerderover het hoofd zijn gezien.

In de overige delen van het verspreidingsgebied wordt pas in deze tijdsperiode de achteruitgang van de heikikker duidelijker. De waarnemingen uit deze periode zijn voornamelijk verricht in gebieden die al eerder in kaart zijn gebracht. Binnen deze gebieden wordt vooral op een fijner schaalniveau achteruitgang van de soort geconstateerd. Op uurhokniveau zijn de veranderingen wat minder duidelijk, maar er de soort lijkt met name achteruit te gaan op de Oost-Veluwe, in de Gelders-Utrechtse Vallei en in laagveengebieden op de grens van Zuid-Holland en het westelijk deel van Utrecht. Ook in Overijssel lijken veel uurhokken leeg te vallen, maar dit is deels een inventarisatie-effect. In de westelijke Betuwe is de soort minder aangetoond dan in de voorgaande tijdsperiode. In de daarop aansluitende Vijfheerenlanden en de Alblasserwaard komt de soort nog steeds vrij algemeen voor (van Eekelen et al. 2006). 

In Noord-Brabant en Noord-Limburg gaat de heikikker plaatselijk achteruit. Ten zuiden van de Meinweg resteert alleen de Brunssummerheide als laatste leefgebied.

Zie ook de eerdere perioden: 1971 t/m 1995