De bruine kikker heeft verder een zeer ruime habitatkeuze en dringt ook door tot in stad en dorp. Er blijkt daarnaast een sterke binding met bos en struweel. De bruine kikker is een uitgesproken generalist en is in Nederland op alle bodemtypen aangetroffen.

Aquatisch habitat
De bruine kikker komt in allerlei watertypen voor, met een voorkeur voor kleine geïsoleerde wateren en kleine lijnvormige wateren. Groot open water wordt nauwelijks gebruikt en de soort komt relatief weinig in vennen voor. De bruine kikker plant zich in stedelijk gebied ook vaak voor in tuinvijvers.

Landhabitat
De bruine kikker is een generalist maar toch zijn er enkele voorkeuren en afkeuren te vinden. Vochtige habitats, kruidachtige vegetaties, lijnvormige landschapselementen, struwelen, bossen en overgangsgebieden  worden voor de soort als aantrekkelijke habitats gemeld. Bepaalde habitats, zoals de omgeving van zure vennen, brakke wateren of een intensief agrarische omgeving worden gemeden. Bruine kikkers komen wel in zure vennen en heidegebieden voor, maar een heidelandschap is geen typisch habitat (vergelijk heikikker) (Heijligers 2003, Strijbosch 2001).