De Alpenwatersalamander geldt als weinig kritisch. De soort komt voor op zand-, leem- en lössbodems. Zee- en rivierklei wordt gemeden. Bij de waarnemingen zijn  bos en struweel de meest voorkomende landschapstypering. De Alpenwatersalamander komt voor in heidegebieden, agrarisch gebied, op ruderale terreinen en dringt ook door tot in stad en dorp. Opvallend is de lage presentie in hoogveen, een habitat dat op een aantal plaatsen binnen het areaal voorkomt. De Alpenwatersalamander mijdt dit ecosysteem. Alleen uit de duinen en uit laagveen zijn geen waarnemingen bekend. Als aquatisch habitat worden met name vennen, poelen en andere kleine, geïsoleerde wateren (ook bospoelen) gebruikt.

Aquatisch habitat
Onderwatervegetatie is niet zelden volledig afwezig en de bodem is vaak bedekt met een dikke laag dood blad. Voortplanting komt zowel in beschaduwde als onbeschaduwde wateren voor. Voor de Voerstreek (België) stelden Van Overstraeten & De Fonseca (1982) een significante voorkeur voor beschaduwde wateren vast. Veel voortplantingswateren van deze soort liggen in of nabij bos.

Landhabitat
De Alpenwatersalamander heeft als landhabitat een duidelijke voorkeur voor (loof)bossen. Daarnaast zijn ook ongebruikte graslanden en kleine landschapselementen van groot belang, waarbij heggen en houtwallen als geleidend element dienst doen. Akkers en intensief benut grasland worden gemeden (van Gelder & Grooten 1992, Grooten & van Gelder 1993). Een klein deel van de Alpenwatersalamanders overwintert in het water en is daarmee in het voorjaar al vroeg in het voortplantingswater actief. De meeste dieren overwinteren echter op het land.