De Alpenwatersalamander komt uitsluitend voor in Europa. De aaneengesloten verspreiding van de nominaatvorm (M. a. alpestris) loopt van Frankrijk in het westen tot het westelijk deel van Oekraïne in het oosten. In het noorden bereikt de soort nog net Denemarken. In het zuiden loopt het aaneengesloten areaal door tot Noord-Italië.

In het zuidelijk deel van het verspreidingsgebied komen enkele geïsoleerde populaties voor, waarvan sommige de status van aparte ondersoort hebben. De soort kan in de Alpen voorkomen tot 2500 meter hoogte (Griffiths 1996, Gasc et al. 1997).

De noordwestelijke areaalgrens loopt door Nederland (Gasc et al. 1997). Bringsøe & Mikkelsen (1993) nemen aan dat de soort in Denemarken noordelijker voor zou kunnen komen. Niet het klimaat maar intensieve, kale landbouwgebieden die de laatste eeuwen zijn ontstaan, vormen een barrière voor de soort. In Engeland, waar de Alpenwatersalamander van nature niet voorkomt, is de soort op een aantal plaatsen geïntroduceerd (Banks 1989).