RAVON werkt samen op het gebied van natuuronderzoek en –bescherming: 

• RAVON is lid van de Stichting VeldOnderzoek Flora en Fauna (VOFF). Die stichting coördineert onderzoeksactiviteiten door vrijwilligers op het gebied van planten en dieren .
  Ook begint VOFF gezamenlijke projecten. Enkele voorbeelden zijn het realiseren van cursussen voor het werven van nieuwe vrijwilligers, inbreng bij de Inhaalslag Verspreidingsonderzoek en projecten op het gebied van laagdrempelige invoermodules voor waarnemingen en verbeteringen in de databases van de PGO’s (EcoGrid-project).

• RAVON doet  mee aan Soortenbescherming Nederland. Dat  behartigt soortgerichte beschermingsactiviteiten op landelijk niveau.
  In 2005 heeft Soortenbescherming Nederland o.a. hard getrokken aan het tot stand komen van het nieuwe meerjarenprogramma soortenbeleid. Ook is Soortenbescherming Nederland betrokken bij een aantal gedragscodes in het kader van ontheffingen van Flora en Fauna Wet.

• De RAVON Werkgroep Monitoring werkt samen met de Universiteit van Amsterdam. Zo worden er bijvoorbeeld regelmatig colleges gegeven en studenten begeleid.

• RAVON doet mee aan het Vissennetwerk. Het Vissennetwerk is een netwerk van personen, die informatie, kennis en ideeën uitwisselen. Dit gebeurt zowel vanuit een wetenschappelijke als praktische invalshoek. En het is gericht op vissen, visserij en de leefomgeving van vissen. RAVON neemt actief deel aan het netwerk. Er is o.a. gewerkt aan de thema’s soort- en gebiedbescherming, vismigratie, benutting van visstanden en de bescherming van de paling.

• RAVON is in november 2009 lid geworden van de projectgroep Aalherstel. Dit is een initiatief van Sportvisserij Nederland, Stichting de Noordzee, het Wereld Natuur Fonds, Vereniging Natuur-monumenten en Greenpeace onder voorzitter-schap van oud politicus Dr. J.C. Terlouw. De projectgroep gaat in de komende jaren belangeloos activiteiten initiëren en stimuleren, die bijdragen tot het herstel van de aal op een zo kort mogelijke termijn.

• De NDFF: de Nationale Database Flora en Fauna. In deze database worden alle gegevens van flora en fauna bijeengebracht en toegankelijk gemaakt. Deze gegevens zijn afkomstig uit de databanken van Particuliere Gegevensbeherende Organisaties (PGO's), verenigd in de Vereniging Onderzoek Flora en Fauna (VOFF) en andere gegevensleveranciers zoals waarneming.nl en het NHGL. 
   
• Waarneming.nl en RAVON werken samen. De via waarneming.nl ingevoerde gegevens van reptielen, amfibieën en vissen worden aan RAVON ter beschikking gesteld. RAVON zet de waarnemingen in voor onderzoek en bescherming van (kwetsbare) soorten.

• Gegevensautoriteit Natuur (GaN): RAVON werkt samen met de GaN. Een van de belangrijkste activiteiten van de GaN is de inrichting en het beheer van de Nationale Databank Flora en Fauna (NDFF)
   
• Natuurplaza:  Vijf organisaties (RAVON, SOVON, FLORON, Zoogdiervereniging en Stichting Bargerveen) onder één dak die samen werken aan de ontwikkeling en verspreiding van toepasbare kennis voor natuurbeheer. Gehuisvest in Nijmegen biedt Natuurplaza onderdak aan 120 professionele medewerkers, 20.000 vrijwilligers en meer dan 22,5 miljoen datarecords.